국방정보체계관리단은 21세기 지식 정보화 시대를 맞이하여 국방정보화를 선도하고, 국방정보화 정책연구결과를 집행수준까지 반영하는 "연구-정책-집행 간의 상호 피드백(Feedback) 체계"를 구축하기 위해 설립되었다.

2011년 5월에는 국방정보시스템 유지보수 및 기술지원 업무의 체계적이고 일관성 있는 추진과 예산의 효율적 집행 및 업무의 책임성 제고, 전장-자원관리체계를 연계한 통합적 관점하의 목표지향적, 경제적 유지보수 수행, 민간업체중심의 정보체계별 독립적 유지보수 탈피 등을 목적으로 국방부로부터 “국방정보화기반조성 및 국방정보자원 관리에 관한 법률”에근거하여 “국방정보시스템 유지보수 및 기술지원 전담기관”으로 지정받았다.

2014년 12월에는 “한국국방연구원 정관 및 직제규정을 개정하여 KIDA의 정식 조직으로 편제화하고인건비의 출연금 확보를 통해 조직 운영의 안정성을 확보하였다.

현재는 약 110여명의 전문화된 정보통신기술(ICT) 인력들이 최신 정보화 개념 및 방법론을 토대로국방정보화 사업에 대한 컨설팅, 개념연구(BPR/ISP) 및 사업추진을 위한 기술지원(PMO) 등의 업무를 수행하고 있으며, 통합적 관점하에서의 체계개발 및 유지보수 사업 수행 등을 통해 국방정보화는 물론, 국방정보체계 안정화 및 고도화 임무를 담당하고 있다. 정보화 업무영역별로 전장관리부, 자원관리부, 기술지원부 및 행정실의 3부 1실 체제로 운영하고 있다.

국방정보체계관리단은 단장을 중심으로 현재 전장관리부, 자원관리부, 기술지원부 및 행정실 등 3부 1실 체제를 유지하고 있다.